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法家思想虽然的确是主张专制集权的思想理论，但是专制主义中央集权制度却是贯穿了整个封建王朝，很显然这并不是秦之后历代统治者大多耻与法家思想为伍的原因，故A项错误；由于由秦朝所开创的专制主义中央集权制度基本为其后的历朝历代所沿袭，作为该制度理论基础的法家思想也不可能不利于封建统治的长治久安，故B项错误；法家思想主张严刑酷法的暴政统治，这也是秦朝二世而亡的主要原因，故“秦亡以后，历代统治者大多耻于与法家为伍”，故C项正确；儒家与法家思想的冲突显然并不是法家思想并其后历代统治者所摒弃的主要原因，故D项错误。