依据材料可知，明清时期江南地区的嘉兴府中的市镇，如新塍镇、大张圩诸市镇、濮院镇等所生产的产品均运往外县或外地，而不向嘉兴府城集中，这说明当时江南市镇经济发展具有独立性，A项正确。依据材料“运往附近吴江县的盛泽镇”“一部分直接运往外地，一部分运往盛泽镇”等信息可知，材料不能体现跨区长途贸易，排除B项；材料没有比较市镇与县城的繁荣程度，无法得出繁荣的程度超越县城，排除C项；材料没有涉及自由雇佣劳动，排除D项。故选A项。