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良渚古城遗址距今约5300—4300年，属于新石器时代晚期，已具备大型水利系统、宫殿基址及复杂社会分工，被列入世界遗产名录，实证中华五千年文明史，符合题干“五千多年文明史”要求，故选D项；元谋人遗址发现距今约170万年的古人类化石，属于旧石器时代早期，处于“百万年人类史”阶段，排除A项；北京人遗址距今约70万—20万年，同样属于旧石器时代，反映早期人类生活状态，属于人类史范畴，排除B项；河姆渡遗址距今约7000年，展示长江流域稻作农业和干栏式建筑，属于“一万年文化史”阶段，尚未形成文明社会形态，排除C项。