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河姆渡人主要生活在长江流域，气候温暖湿润，雨水充沛，适宜种植水稻和修建干栏式建筑；半坡人主要生活在黄河流域，气候比较干燥，所以居住半地穴式房屋，种植粟。因此，造成这种差异的最主要因素是地理环境的不同，故选A项；农作物和居住环境的不同跟生活习惯相关不大，排除B项；河姆渡人和半坡人的生产工具都是磨制工具，排除C项；河姆渡人和半坡人都属于原始农耕文明，排除D项。