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据材料“设置澎湖巡检司”“台湾府、1885年台湾正式建省”可知，元朝设立机构对台湾进行管辖，清朝在台湾建省，提高了台湾的行政级别，这体现了中央对台湾实现直接管辖，反映了中央对边疆管理的加强，故选D项；材料体现了清朝对边疆的管辖，不体现君主专制的加强，排除A项；清朝设立军机处等体现了中枢机构的发展，材料强调对台湾地区的管辖，并未体现中央官制的发展，排除B项；清朝实行闭关锁国，且海外贸易的繁荣与材料信息无关，排除C项。