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 结合所学知识可知，公元前60年，西汉设西域都护，总管西域事务。从此，今新疆地区开始隶属中央政府管辖。唐太宗和武则天在今新疆地区先后设立管辖西域的最高行政和军事机构。乾隆帝平定新疆大小和卓叛乱，设伊犁将军，管辖包括巴尔喀什湖在内的整个新疆地区，故本题选A项。