C

据材料“秦汉时期推行乡里制度”“以户口编排为基础的‘里’”及所学知识可知，秦汉时期实行乡里制度的基础是户口编排，秦汉时期是国家大一统状态，能够较好的进行户籍统计和编排，但东晋南朝时期，国家分裂动荡，户籍统计和编排受到影响，因此以户口编排为基础的乡里制逐渐松弛，丘、村等自然聚落逐步演变成为实际的乡村行政管理单位，这体现了长期战乱带来社会基层组织形态新变化，故选C项；据所学知识可知，乡里制度整体符合封建社会发展的实际情况，直到明清时期兼具区划和户籍管理性质的乡里制才与旨在维护社会治安的保甲制合一，乡里制在东晋南朝时期的改变主要是适应社会动荡的现实，并没有脱离当时的社会发展，排除A项；据材料“自然聚落逐步演变成为实际的乡村行政管理单位”及所学知识可知，自然聚落“慢慢地取代了‘里’”，并非国家对基层社会管理制度调整造成的，而是在社会动荡背景下的“逐步演变”，排除B项；据材料“丘、村等自然聚落逐步演变成为实际的乡村行政管理单位”可知，社会基层组织形态是以“自然聚落”为主，仍旧是地缘为主的聚合形态，排除D项。