B

根据材料中的“御史冯元钦上书建议将军机处改名枢密院。乾隆下旨批驳说，本朝职官设置已经相当完备，都记载在《大清会典》中了，军机处‘不过以为承旨办理机务之地，并非独重其权，显为官职也’”信息可知，清朝军机处并没有列入乾隆朝最重要官修政书《大清会典》中，这是因为军机处在很大程度上，只是皇帝的私人秘书机构，在正式的国家政治体制中没有取得法定地位，B项正确；军机处是清朝辅助皇帝处理政务的重要中枢机构，地位显赫，并非“地位无足轻重”，排除A项；材料中明确地指出了军机处“承旨办理机务之地”，职能明确，排除C项；军机处是皇权强化的产物而非“皇帝集权威胁”，排除D项。故选B项。