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据材料“清朝则把郡县制……中央对边疆地区的直接管辖权”可知，清代在边疆地区不再推行朝贡制，而用内地的郡县制取而代之，中央派官员到边疆任职，加强中央对边疆的管理，这些措施有利于奠定现代中国版图，故选D项；因俗而治是指对不同疆域、不同发展阶段的民族地区采取因地制宜的差异化方式进行政治统治和社会管理。清朝在边疆地区统一实施郡县制不能体现因俗而治的策略，排除A项；清朝时期，朝贡体系并未退出历史舞台，此项表述不符合史实，排除B项；在边疆推行内地的郡县制，不是边疆治理模式的创新，而是边疆治理模式的改变，排除C项。