B

据材料信息可知元朝时期书院的山长由民间人士担任变为由政府负责考核与任命，体现政府对书院的控制加强，推动书院由民间组织参与，逐渐变为官府掌控，体现书院的官学化发展趋势，故选B项；材料强调书院的山长产生方式有所变化，未涉及书院以外的其他教育组织，结合所学此时书院仍承担主要的教育功能，故未涉及教育体制的创新，排除A项；材料强调书院的山长产生方式有所变化，书院仍旧承担教育功能，未涉及书院增加其他功能，故“改变”表述错误，排除C项；材料强调元朝时期书院的山长由民间人士担任变为由政府负责考核与任命，体现政府对书院的控制加强，一定程度上要求书院的教育内容体现政府意志，这不利于思想文化的自由繁荣发展，排除D项。