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据材料“被视为‘近代化学之父’的约翰·道尔顿是一位虔诚的新教徒”“被视为近代物理学创始人的牛顿也热心于炼金术”可知，作为近代科学革命时代的代表人物，约翰·道尔顿信仰新教，牛顿热心于炼金术，这体现了特定时代的影响，虽然近代科技产生并有所发展，但还没有完全冲破旧的宗教思想和迷信思想的束缚，反映了时代的特定精神内涵，故选D项；作为“近代科学之父”和“近代物理学创始人”，他们追求科学，存在理性的追求，排除A项；材料体现了科技进步仍旧受到封建迷信思想的束缚，但此时期科学取得了很大程度的发展，排除B项；牛顿热心于炼金术体现了封建迷信思想的束缚，与教会没有直接关系，排除C项。