C

据材料“混合型农业生产体系”“畜牧业”“稻作农业体系”可知，我国中原及北方地区、黄河上游为主的西北地区以及长江流域中下游地区分别形成了不同的生产体系。这主要是由于中原及北方地区的黄土高原和华北平原，土壤肥沃，适合旱作农业；西北地区则以高原和草原为主，适合放牧；长江中下游地区，水网密布，雨量充沛，适合水稻种植。因此，造成这种差异的主要原因是自然环境的影响，故选C项；饮食结构不同是种植结构不同造成的，不是造成材料中差异的主要原因，排除A项；地区交流会对种植结构有一定的影响，但不是造成材料中差异的主要原因，排除B项；新石器时代，生产力水平普遍比较低下，生产技术差别不大，不是造成这种差异的主要原因，排除D项。