C

 由材料“1900年6月，慈禧太后向英、美、俄、法等十一国宣战”可知清政府面临外患危机，由材料“两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章和山东巡抚袁世凯等和各参战国达成了互不侵犯协议”可知清政府面临中央集权受到挑战的困境，故选C项；“东南互保”是东南各省督抚与清政府、列强之间的关系，不是清朝对外交往制度的变化，排除A项；“东南互保”不是主权国家的外交行为，并没有使中外关系性质发生根本性改变，排除B项；“东南互保”意在保护自身安全，免受战争侵害，不是国家意识的体现，排除D项。