C

据材料可知，清政府在面对德国侵略时，不仅未能有效保护国家领土和主权，反而选择妥协和牺牲，甚至将内部官员作为替罪羊。这充分说明清政府已经沦为列强侵略中国的工具，故选C项；虽然材料提到了农民刺杀德国传教士的事件，但这并不能直接说明农民强烈抵触西学东渐。农民的行为可能更多是基于对传教士的不满或误解，而非对整个西学东渐的抵触，排除A项；从清政府在面对德国侵略时的软弱态度和农民的个体行为中，可以反映出当时社会的民族意识确实不够强烈。但材料更多揭示的是清政府的无能，而非整个社会的民族意识，排除B项；虽然19世纪末20世纪初是西方资本主义国家进入帝国主义阶段的历史时期，但材料并未直接反映这一点。材料主要描述的是清政府与德国之间的冲突和清政府的软弱态度，排除D项。