D

明朝内阁并非正式机构，故A项错误；材料提到的是中央机构的运转，未提及地方权力，故B项错误；明神宗以中央机构互相牵制达成加强皇权，故C项错误；明神宗期望中央机构改革加强皇权，却使“部权尽归内阁”，故D项正确。