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根据材料“日本出土的绳纹时期的玉玦与中国的兴隆洼文化遗址和河姆渡文化遗址等出土的玉玦十分相似。”“在长江下游部分遗址出土的独木舟和木桨与日本本州岛日本海一侧出土的独木舟和木桨也高度相似。”并结合所学知识可知，绳纹时代的日本文化受到中华文化的浸染，所以出土的文化遗址与文物和中国相似，C项正确；
仅凭材料无法判断绳纹时代的日本文化是由中国东迁移民创造的，排除A项；
绳纹时代的日本文化是否与中国吴越文化同源还有待考证，排除B项；
根据出土文物是独木舟和木桨，无法得出绳纹时代的日本文化以航海业最具代表性，排除D项。