B

据材料“君臣皆应......‘天下万民为事’......‘治天下’”可知，明末清初的进步思想家对君臣在国家治理中应该履行的职责提出了合理化的建议，是对君主专制制度的反思，说明尚未摆脱传统思想的范畴，故选B项；据材料“君臣皆应以‘天下万民为事’”可知，明清之际的思想家继承了儒家民本的思想构筑具有时代特色的思想体系，虽然对封建专制起了一定的冲击作用，但其实质是对儒家思想的批判继承，主旨在于推翻君主制度的说法与史实不符，排除A项；明末清初之际的思想家代表的是市民工商阶层的利益，当时的中国还未产生资产阶级，适应了新兴资产阶级的需要的说法错误，排除C项；西学东渐的主要传播者是传教士，给当时的中国带来了近代自然科学的知识，这与材料中思想家们的政治主张的信息不符，因此，不能得出反映了西学东渐发展趋势的结论，排除D项。