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根据材料和所学知识可知，元朝在澎湖岛设置了澎湖巡检司，负责管辖澎湖和琉球（今台湾），是元朝对边疆地区的管辖措施之一，故选A项；安西都护府是唐朝时期设立的用于管理西域的机构，而不是元朝，排除B项；驻藏大臣是清朝时期设立的用于监督西藏政务的职位，而不是元朝，排除C项；伊犁将军是清朝时期在新疆地区设立的负责管理新疆地区的军事和政务，而不是元朝，排除D项。