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明朝废丞相设内阁，清朝设军机处是针对中央官制而言，与中央集权无关，故A项错误；明朝废丞相设内阁，清朝设军机处体现专制主义的高度强化，说明明清时期封建专制制度日益腐朽需要高度强化君主专制来维护统治，故B项正确；清朝军机处设置时已无相权，故C项错误；废丞相并不代表丞相官理的行政事务消失，故D项错误。