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据材料“明的是指……内阁票拟后呈送皇帝裁决”“暗的是……皇帝御览亲批后发回奏折人”结合所学可知，清代政务处理章奏进御不断减省中间环节，获得密奏权的官员人数增加，实现了君臣相对直接的交流，特别是内阁与皇帝的交流被整合入该体系，其作为文书总汇的性质在某种程度上遭到削弱，政务运作模式出现革新性突破，体现了使权力分配体制发生新变化，故选B项；军机处的设立是清代中枢机构的重大变革，材料主要强调清朝文书流转与政令传递的变化体现了国家权力分配与制度运作的变化，并未涉及中枢机构运作更趋合理的相关史实，排除A项；材料主要反映清朝文书流转与政令传递的变化，没有涉及中央机构的职权划分的相关史实，排除C项；材料强调文书流转与政令传递更高效和保密，没有涉及清朝加强中央集权统治的具体措施，无法得出中央对地方的控制力加强的结论，排除D项。