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巡检司制度是明初对江南市镇进行管理的一种行政体制，它的设置主要基于水陆交通要地的考虑，并承担着乡镇防卫、稽查人口、维持治安等职能。随着明中后期经济的发展，原本由巡检司管理的市镇因为经济活动的增加、人口的流动和市场的繁荣，使得原有的管理体制难以为继。因此，较大市镇开始直接设立府县级别的官员进行管理，这一变化反映了江南地区经济的发展和城市化进程的加快，故选C项；材料只是提及较大市镇直接设立府县级别的官员予以管理，并不代表巡检司制度的结束，排除A项；巡检司制度是对江南市镇进行管理，主要是在水陆交通要地，并不属于基层治理，排除B项；市镇数量的增长是巡检制度变化的原因，而不是结果，排除D项。