A

A.具有一定的主权意识：清政府严究惩办了违规夹带武器的德商，表明它对外国商人在华活动进行了监管和限制，体现了对国家主权的维护。这符合题目描述中清政府的行为。
B.忽视近代科技的引进：题目中并未提及清政府是否忽视近代科技引进，而是关注了对违规行为的惩处，因此这一选项与题目主旨不符。
C.维护海防意识的薄弱：清政府严究惩办德商的行为恰恰反映了其对海防的重视，而非意识薄弱。因此，这一选项与题目描述相悖。
D.成功进行了军事革新：题目描述的是对违规运输武器的惩处，并未提及军事革新的成功与否，因此这一选项与题目无关。综上所述，清政府严究惩办德商承运过程中违规夹带大量武器弹药的行为，主要反映了其具有一定的主权意识，对外国在华活动进行了有效的监管和限制。
故选：A。
本题考查了清末新政，要求学生阅读史料并结合所学作出回答。
本题要求学生具有解读材料信息，调动和运用知识分析历史问题的能力。