A

据材料“禁海令......没有得到彻底解决”可知，明朝海盗问题背后深层的原因，是当时一部分百姓以贸易为主的经济活动，和朝廷严格限制商业贸易的政策之间产生了矛盾，故选A项；据材料“私下进行海上贸易的百姓被视为海盗”可知，禁海令实施之后出现了私下的海上贸易，这说明政府严格控制海上贸易，失去了对民间贸易控制的说法与史实不符，排除B项；海盗是私下进行海上贸易的人，因此，海盗是政府打击的对象，商贸发展提高了海盗的地位与材料主旨不符，排除C项；据材料“私下......百姓被视为海盗”可知，被称为海盗的是国人，而倭寇是14—16世纪劫掠中国沿海地区的日本海盗，这与材料信息不符，排除D项。