A

 明朝在东北设都司、卫、所，加强对女真等族的管理，故①正确；元朝设北庭都元帅府、宣慰司等机构管理军政事务，加强了对西域的管理，故②错误；明朝敕封西藏僧俗领袖为“王”“法王”，建立羁縻性质的都司等机构，对西藏地区进行管辖，故③正确；自雍正时起，清政府在西南大规模改土归流，废除世袭土官，改派流官，强化了清政府对西南地方各民族的管理，推动了当地的经济发展和社会进步，故④错误；选择A项符合题意。