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从材料中可以看出，雍正时期，军机处只是协助办理军务，乾隆中期，内阁的某些职权转移到军机处，大学士权力越来越小，而乾隆以后，重要的国家大事基本上都在军机处，从中可以看出，军机处成为制衡内阁的重要工具，故选D项。A项错误，因为设置军机处是加强皇权的重要工具；B项错误，从材料可以看出，清初的权力结构发生了实质性的变化；从材料“乾隆三年，裁撤总理事务王大臣”可以排除C项。 考点：古代中国的政治制度?明清君主专制制度的加强?清代军机处的设立 【名师点睛】清朝军机处是处理全国军政大权的中央机构，皇帝选派满汉大臣入军机处，只能“跪受笔录”皇帝对军政大事的裁决，然后传达给中央各部和地方官员去执行，军机处的设立，使清朝初期的议政王大臣会议（对皇权限制很大）实权尽失，军政大权完全集中于皇帝手中。军机处是辅助皇帝处理政务的最重要的中枢机构。军机处的设立，是专制皇权高度发展的重要标志。