D

《神曲》是文艺复兴时期但丁的著作，材料是“1860年”，且其内容不涉及“一人断言他的身体是完成自一系列的由不完美到完美的变化”，故A项错误；《自然哲学的数学原理》是牛顿1687年出版的，书中没有涉及“一人断言他的身体是完成自一系列的由不完美到完美的变化”，故B项错误；《哲学通信》是启蒙运动时期伏尔泰的作品，书中没有提出“一人断言他的身体是完成自一系列的由不完美到完美的变化”，故C项错误；据材料“一人断言他的身体是完成自一系列的由不完美到完美的变化”可知是达尔文的进化论，否定了上帝创世说，因此遭到教会的反对，达尔文在1859年出版《物种起源》提出进化论，故D项正确。