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据材料“先是巴结宦官刘瑾攀上高位……实现了长期秉政”可知，内阁首辅巴结讨好宦官以实现长期秉政，内阁与宦官相勾结，内阁权势不断增强，这反映出明朝中后期中枢权力机构的运作发生异变，故选B项；明朝的内阁始终没有取得法定的地位，始终不是中央一级正式的行政机构，故不存在“合法化”一说，排除A项；明太祖朱元璋废除丞相制度，以后丞相制度未重建，排除C项；内廷宦官机构司礼监代行批红权，但皇帝掌握最高决策权力，排除D项。